2011年-2013年滨州及其周边地区4种猪病毒性疾病的流行情况分析

通过对滨州及其周边地区2011年-2013年316个场次采集病料进行猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒与猪圆环病毒2型的检测,并对检测结果进行了统计分析,了解滨州及其周边地区上述4种疫病的流行状况。     

Bioinformatics Analysis of gB Gene of Porcine Lymphotropic Herpesviruses Strain GD27

The glycoproteins B (gB) gene of porcine lymphotropic herpesviruses 2 (PLHV-2)was amplified by PCR and sequenced, then bioinformatics analysis were conducted. The gB protein was composed of 876 amino acids, the molecular formula was C₄₅₀₀H₆₉₇₅N₁₁₉₉O₁₃₅₁S₄₀, the molecular mass was 100.77 ku, the value of theoretical isoelectric point was 6.45, and the instability index was 38.58. The prediction of secondary structure revealed that some alpha helixes and beta sheets exist in protein while random coil was major pattern. It had a signal peptide in the position 1-39 amino acids and a transmembrane helice in the position 761-780 amino acids. It contained several prosites and several intrinsically disordered proteins. Tertiary structure model of gB protein showed a fusion loop. Multiple antigenic epitope located in gB through comprehensive analysis prediction method. It was suggested that gB gene could be as a candidate antigen for vaccination of PLHV-2.     

Research Progress and Countermeasures of Porcine Endogenous Retrovirus in Chinese Miniature

The paper is a brief introduction of porcine endogenous retrovirus (PERV) innovative research results in the world and also expounds the passing PERV existence situation on different varieties of miniature pig, analyzes the PERV-virus gene cloning and sequence, appraises method on cell level, create the platform of infection HEK293 cells research, study on pigs A3F inhibition of PERV, and reveal the innovative research results on the specific molecular genetics in the different strain of PERV, analyzes the advantages of Wuzhishan miniature pig inbred line such as low gene copy of PERV,and there is no passing PERV-C specificity and as well as looking forward to cultivate the methods for new strain of PERV negative pigs. It will provide a scientific counter measure and new perspective to solve the spread of disease risk of miniature pig PERV and product safety for human xenotransplantation and biomedical materials of research and development.     

猪圆环病毒Ⅱ型体外诱导3D4/2细胞炎症模型的建立

【目的】通过对猪圆环病毒Ⅱ型（PCV2）体外感染3D4/2细胞浓度、时间与细胞炎症水平进行探讨,建立PCV2体外感染3D4/2细胞炎症反应模型,以期为后期药物调控PCV2诱发3D4/2细胞炎症反应的研究奠定基础。【方法】将3D4/2细胞分为对照组及10⁰、10^-1、10^-2和10^-3 PCV2感染组,每组3个重复。对照组用DMEM培养,各PCV2感染组用不同稀释倍数PCV2液培养,2 h后均更换为含5%胎牛血清（FBS）的DMEM维持液进行培养,培养4、8、12和24 h后分别收集细胞及细胞上清液。采用Griess法检测一氧化氮（NO）水平,DCFH-DA荧光探针法检测活性氧（ROS）水平,酶标法检测还原型谷胱甘肽（GSH）水平,分光光度法检测黄嘌呤氧化酶（XOD）和髓过氧化物酶（MPO）活性,ELISA法测定白细胞介素-1β（IL-1β）、IL-6、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、IL-10、γ干扰素（IFN-γ）、IL-8、单核细胞趋化蛋白1（MCP-1）以及环氧合酶1（COX-1）和COX-2的分泌水平。【结果】10⁰至10^-3 PCV2作用4、8、12和24 h均能够成功感染3D4/2细胞。与对照组相比,10⁰ PCV2在感染3D4/2细胞4、8、12、24 h后ROS水平均极显著升高（P<0.01）,10^-1至10^-3 PCV2感染3D4/2细胞8、12、24 h后ROS水平显著或极显著升高（P<0.05;P<0.01）;10⁰至10^-3 PCV2感染3D4/2细胞8、12、24 h后,细胞内NO浓度及MPO活性显著提高（P<0.05）,细胞上清液中的IL-1β、IL-6、TNF-α、IL-10、IFN-γ、IL-8和MCP-1水平及COX-1活性均显著或极显著升高（P<0.05;P<0.01）,其中10⁰ PCV2感染3D4/2细胞后,各炎症因子水平上升最显著,且随着时间的延长,NO浓度逐渐升高,XOD活性逐渐降低。【结论】PCV2可诱导3D4/2细胞炎症反应,且10⁰ PCV2体外感染3D4/2细胞4~12 h是建立炎症模型的最佳条件。     

利用中芯一号SNP芯片检测隆林猪全基因组拷贝数变异

[目的] 检测隆林猪的全基因组拷贝数变异。[方法] 采集33头隆林猪的耳组织样本,通过酚-氯仿法提取DNA后,使用猪中芯一号50K SNP芯片进行基因分型,得到的原始数据通过Genomestudio软件和Linux系统进行处理,使用CNVPartition和PennCNV软件分别检测拷贝数变异（copy number variation,CNV）,并利用Bedtools软件将CNV合并为拷贝数变异区域（copy number variation region,CNVR）,使用Biomart对CNVR进行基因定位,利用David网站对定位到的基因进行GO和KEGG富集分析,使用猪QTL数据库对共同CNVR进行QTL注释。[结果] CNVPartition软件共检测到260个CNVs,合并为47个CNVRs,其中缺失型40个、获得型5个、混合型2个,共定位到84个基因,显著富集到13条信号通路;PennCNV软件共检测到96个CNVs,合并为15个CNVRs,其中缺失型9个、获得型1个、混合型5个,共定位到8个基因,显著富集到8条信号通路;2个软件检测结果定位到的基因主要富集在嗅觉相关通路和G-蛋白偶联相关通路中,其中INPP5B、NEURL1和GAPDHS基因显著富集到精子活力通路;2个软件获得了3个共同CNVRs,其中缺失型、获得型和混合型均为1个,共定位到8个基因,显著富集到涉及嗅觉感官知觉的化学刺激检测通路、嗅觉受体活性通路、嗅觉转导通路、G-蛋白偶联受体活性通路、G-蛋白偶联受体信号通路、膜整体组件通路和质膜通路共7条信号通路;共有130个QTLs与3个共同CNVRs重叠,其中与背膘厚、肉质和乳头数相关的QTLs分别有11、9和6个。[结论] 隆林猪CNV可能与嗅觉功能、繁殖性能、背膘厚、肉质和乳头数性状相关。     

The effect of porcine hydrolysed collagen on gastric ulcer scores,gastric juice pH,gastrin and amino acid concentrations in horses

Gastric ulcers are common in horses. The purpose of this study was to test the effect of porcine hydrolysed collagen (PHC) on gastric ulcer scores and gastric juice pH in horses. We hypothesise that PHC-administration will result in improved gastric lesion scores and act synergistically with omeprazole to improve treatment efficacy. Thoroughbred horses (n = 10) were studied in a 2-period, 2-treatment crossover design, where the PHC (45 g) was administered twice daily. Horses were treated for 56 days. Gastroscopy was performed and gastric juice pH measured on Days 0, 14, 28, 42, 49 and 56. Nonglandular gastric ulcer number (NGN) and severity (NGS) and glandular ulcer number (GN) and glandular severity (GS) scores were assigned by an investigator masked to treatment and serum gastrin and amino acid concentrations. By Day 42, 2 weeks after discontinuing omeprazole treatment, NGN and NGS scores returned to pretreatment values and serum gastrin was higher when compared to values measured on Day 28. By Day 49, after the feed-deprivation period, NGN and NGS were similar to pretreatment values. By Day 56, mean NGN score was significantly lower in PHC-treated horses, compared to controls. Mean gastric juice pH significantly increased in both groups on Day 28 and the pH was significantly (P = 0.0127) higher in the PHC-treated horses. Serum amino acid concentrations were not significantly different 2 h after feeding PHC and hydroxyproline was not detected. Serum gastrin concentration did not increase 2 h after feeding in the PHC-fed horses. The PHC fed to horses enhanced the effects of omeprazole on increased gastric juice pH, inhibited gastrin secretion after feeding and resulted in fewer nonglandular ulcers after long-term feeding (56 days) in stall-confined horses undergoing intermittent feeding.     

PK-15细胞的ISG15基因敲除促进PRV的复制

本试验旨在研究干扰素刺激基因15（interferon-stimulated gene 15,ISG15）敲除对猪伪狂犬病病毒（PRV）复制的影响。通过CRISPR/Cas9技术构建猪ISG15基因敲除猪肾上皮（PK-15）细胞系,利用CCK-8试剂盒检测PK-15敲除ISG15基因对细胞活力的影响,采用间接免疫荧光技术检测PK-15以及PK15-ISG15^-/-细胞感染PRV的增殖差异,通过RT-qPCR检测PRV-EP0、PRV-gE、PRV-VP16和IFN-β的转录水平,Western blot检测PRV-gE和ISG15的蛋白表达水平,以及通过病毒噬斑检测对子代病毒感染力的影响。结果表明,sgRNA1和sgRNA2均成功敲除ISG15基因;CCK-8试剂盒检测细胞活力结果表明,敲除ISG15基因对PK-15细胞活力无影响;间接免疫荧光检测结果表明,PRV感染后,PK15-ISG15^-/-细胞中的荧光强度明显高于PK-15细胞;RT-qPCR和Western blot结果表明,敲除ISG15可以促进PRV的转录和蛋白表达;病毒噬斑试验进一步显示,敲除ISG15可以促进PRV的复制。另外,RT-qPCR结果显示,敲除ISG15可以抑制PRV感染引起的IFN-β转录上调。本研究成功构建了PK15-ISG15^-/-细胞系,并通过PRV感染试验证实ISG15基因可以抑制PRV在PK-15细胞中的增殖,并推测这种抑制作用可能与IFN通路有关。     

基于网络药理学探讨黄芩素对猪丁型冠状病毒感染的潜在作用机制

本研究旨在探讨黄芩素抗猪丁型冠状病毒（porcine deltacoronavirus,PDCoV）感染的作用机制。通过Pharmmapper、Pubchem、STITCH、TCMSP和Swiss Targer Prediction数据库获得黄芩素的作用靶点。根据前期蛋白组学结果获得PDCoV感染的相关靶点,获取黄芩素与PDCoV感染的共同靶点,并利用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-疾病-靶点”网络和靶蛋白相互作用网络,利用CytoNCA插件进行网络拓扑分析和核心网络构建,使用Metascape数据库对核心网络基因进行GO和KEGG分析。通过细胞试验对富集得到的信号通路下游基因表达水平进行检测。通过筛选,共获得黄芩素的潜在靶基因268个,黄芩素-PDCoV的共同靶点75个,GO富集结果表明黄芩素主要参与细胞周期、细胞膜筏形成、线粒体膜形成、纺锤体形成和MAPK信号级联传导过程;KEGG富集筛选得到277条信号通路（P<0.01）,主要涉及PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路和MAPK信号通路等。细胞试验结果表明,与正常细胞对照组相对,病毒感染后PI3K、AKT、NF-κB mRNA表达显著升高;与病毒感染组相比,黄芩素处理组PI3K、AKT、NF-κB mRNA的表达显著降低（P<0.05）。黄芩素对PDCoV感染的作用具有多靶点、多通路的特点,可能是通过作用于AKT1、HSP90AA1、SRC、EGFR、CASP3、MAPK、STAT3等核心基因调控PI3K-Akt、Ras和MAPK信号通路、细胞凋亡、病毒感染等通路发挥作用,可以作为抗PDCoV感染的潜在治疗药物进一步研究。     

苯基吡啶酮衍生物影响猪δ冠状病毒复制的作用分析

本研究旨在探讨苯基吡啶酮衍生物JIB-04对猪δ冠状病毒（porcine deltacoronavirus,PDCoV）的抗病毒作用,并初步研究可能的作用机制。首先应用CCK-8方法检测不同浓度JIB-04作用后的细胞活力,并计算半数毒性浓度（CC₅₀）和半数有效浓度（EC₅₀）。应用TCID₅₀方法检测JIB-04预处理和共处理对PDCoV复制的影响,检测JIB-04处理对PDCoV吸附或入侵细胞的影响。最后,应用qRT-PCR、TCID₅₀和Western blot方法检测JIB-04处理对不同时间点病毒复制的影响。结果表明,JIB-04在所有受试浓度下均不影响LLC-PK细胞的活力,CC₅₀>640 μmol·L^-1,EC₅₀=0.216 μmol·L^-1,SI指数>2 963。与未处理的病毒感染组相比,JIB-04处理极显著降低了PDCoV的滴度（P<0.001）,但对PDCoV吸附和入侵过程没有影响。感染6 h后,与未处理的病毒感染组相比,JIB-04处理组PDCoV滴度极显著下降（P<0.01）;感染12和24 h后,PDCoV滴度、基因组拷贝数、N蛋白表达水平均极显著下降（P<0.01）。JIB-04的细胞毒性较低,药物选择性指数较高,在体外能抵抗PDCoV感染,可以作为潜在的抗病毒药物。在PDCoV感染过程中,JIB-04能够抑制病毒核酸和蛋白质的合成,抑制病毒的复制。     

猪流行性腹泻病毒S2基因B细胞表位的筛选及其单克隆抗体的制备与鉴定

目的 应用生物学软件与单克隆抗体技术相结合的方法鉴定PEDV S2基因B细胞表位肽。方法 利用CLC Sequence viewer 6.8软件及在线数据库IEDB筛选出PEDV S2基因B细胞表位,并人工合成表位肽。将表位肽与钥孔血蓝蛋白（KLH）耦联后作为抗原,免疫雌性BALB/c小鼠,通过ELISA法筛选出抗体效价较高的小鼠进行1次加强免疫,3 d后取脾脏制备脾细胞悬液进行细胞融合。经HAT选择培养基培养筛选有效杂交瘤细胞,采用ELISA法筛选阳性克隆继续进行扩大培养。将部分阳性杂交瘤细胞进行小鼠腹腔注射,并收集腹水。通过ELISA方法分别检测小鼠腹水和单克隆细胞株培养上清液抗体效价,确定最高效价作为后备细胞株。结果 筛选出B细胞表位肽序列为:MQYVYTPTYYML;免疫多肽抗原后融合前血清抗体效价达到1:2 000;BALB/c小鼠腹水及单克隆细胞株培养物上清液ELISA检测结果显示抗体效价达到1:4 000。结论 筛选出了PEDV S2基因B细胞表位,为PEDV表位肽疫苗载体构建研究提供参考。